1、随着使用时间的延长色谱柱柱压慢慢上升，这是正常的；
2、使用过程中(流动相和温度没有改变的条件下)色谱柱压力突然升高很多。这种压力突然升高的现象，通常是由工作人员操作不当引起的。
原因有三点：
1、样品太脏，使用前没有过滤，导致柱筛板堵塞；
2、样品含有的杂质在流动相中的溶解性不是很好，与流动相混合后析出，导致柱塞板堵塞；
3、使用缓冲盐，处理错误，缓冲盐在赛默飞色谱柱中析出，堵塞塞板和键合相颗粒之间的孔隙。
解决办法对于第二种，即柱压突然升高的情况，通常有以下几种解决办法：
1、将色谱柱反接，用含水比例较大的流动相进行冲洗。
2、色谱柱进样一端的筛板取下，分别放在水中和甲醇中超声或更换新的柱筛板。如果柱效没变，但柱压仍然较高，则应考虑进样端填料受污染的问题，因此除了取下进样端筛板超声外，还需要挖掉进样端的部分填料，挖去填料之前先检查一下填料的颜色，如果填料的颜色发生了变化，则应该挖掉直到见到白色的填料为止。
挖掉后赛默飞色谱柱将出现一个缺口，填补缺口的填料可以从另一支相同品牌、相同型号的报废色谱柱的出口端获得，填料用有机溶剂如甲醇等调成糊状装入缺口处，压紧刮平，再装上筛板。
