1、避免柱压过高：尽管安捷伦液相色谱柱可以承受6000PSI的压力，但过高和过大的压力变化将缩短色谱柱的寿命。避免的方法是：当柱压力过高时，尽量使用较小的流速，不超过允许柱压力的一半。当流速较大时，应采用流速梯度法使流速逐步到位。
2、使用手动喷油阀时，喷油阀的切换应尽可能快。否则，超过20%的压力冲击将很快使色谱柱报废。使用多列组合时，应避免在高压下切换列。
3、当流动相含有缓冲盐时，需要过滤。当缓冲溶液放置一段时间(取决于环境温度，夏季通常不超过48小时，冬季不超过一周)时，也应在使用前重新过滤。
4、过滤流动相和样品：流动相通常与水或缓冲溶液和有机溶剂混合。所有通过色谱柱的流动相均应过滤，但实际操作应根据具体情况而有所不同：当有机溶剂使用色谱纯度，水使用石英亚沸水或其他超纯水时，如果可以确保水和有机溶剂的质量而不造成污染，那么过滤就没有更大的实际意义。
5、需要安装保护柱：保护柱的功能是过滤掉流动相和样品中的化学杂质，同时也可以有效去除流动相和样品中的不溶物。虽然目前的色谱仪在流动相吸入口、进样阀后部和色谱柱两端μM处配备了1和2以及其他孔径不同的过滤器，但该过滤器只能去除不溶性颗粒，不能去除化学污染，因此有必要安装保护柱，特别是在分析复杂混合物和生物样品时，如中药和中成药。
